"Negeri 5 Menara" bercerita tentang ketika pertengahan tahun 1988 Alif akan lulus SMP. Bersama sahabatnya, Randai, mereka berharap bisa masuk SMA terkenal di Bukit Tinggi, lalu lanjut kuliah di ITB. Namun Amaknya menginginkan Alif untuk masuk ke Pondok Madani, sebuah pesantren di sudut Ponorogo, Jawa Timur. Alif memberontak tapi akhirnya memenuhi pinta orangtuanya walau setengah hati.

Ketika tiba di Pondok Madani, dilihatnya tempat itu 'kampungan' dan mirip penjara karena peraturan yang ketat dan keharusan ikut kelas adaptasi setahun. Alif sering menyendiri. Seiring berjalannya waktu, Alif mulai bersahabat dengan teman-teman satu kamarnya, yaitu Baso dari Gowa, Atang dari Bandung, Raja dari Medan, Said dari Surabaya, dan Dulmajid dari Madura. Mereka berenam selalu berkumpul di menara masjid dan menamakan diri mereka Sahibul Menara alias para pemilik menara.

Suasana kian menghangat di kelas pertama, saat Alif disentak oleh teriakan penuh semangat dari sang Ustadz: Man Jadda Wajada! Arti kata itu adalah: Siapa yang bersungguh-sungguh pasti akan berhasil. "Mantra" ini lah yang menambah motivasi keenam anak itu bermimpi. Suatu sore, para Sahibul menara menatap awan dan bercita-cita untuk keluar negeri. Alif melihat benua Amerika di awan. Raja menata Eropa, Atang menggambar Afrika. Dulmajid dan Said melihat Indonesia. Sedang Baso, Asia. Man Jadda Wajada Alif bergeser: dari niat untuk keluar dari pondok Madani, menjadi bersungguh-sungguh mengejar mimpi.