"Phantom" akan berlatarkan pasca kejadian 26/11 di Mumbai dan terjadinya terorisme secara global. Seorang pria bernama Shaikh Daniyal (Saif Ali Khan) melakukan perjalanan untuk mencari keadilan dari India ke Eropa, Amerika hingga Timur Tengah. Dalam misinya dia banyak melewati kesulitan dan tantangan yang membahayakan nyawanya. Namun, demi menemukan sebuah keadilan ada harga yang harus dibayar, dalam masalah ini akan menjadi sangat pribadi.