Seorang anak yatim piatu yang diangkat oleh makhluk bawah tanah yang disebut 'Boxtrolls' muncul dari selokan dan keluar dari kotak untuk menyelamatkan keluarganya dan kota dari pembasmi kejahatan, 'Arichibald Snatcher'. Sebuah dongeng komedi yang terbentang di Cheesebridge, sebuah kota era Victoria mewah yang terobsesi dengan kekayaan, kelas, dan stinkiest keju halus.

Di bawah jalan-jalan batu yang menawan tinggal 'Boxtrolls', monster busuk yang merangkak keluar dari selokan di malam hari dan mencuri apa yang warga kota paling sayangi: anak-anak mereka dan keju mereka. Setidaknya, itulah legenda yang warga selalu percaya. Sebenarnya, Boxtrolls adalah komunitas orang aneh unik dan menyenangkan yang tinggal di gua-bawah-tanah ( underground cavern-dwelling) yang memakai kardus daur ulang sebagai cara penyu memakai cangkang mereka. The Boxtrolls telah mengangkat anak yatim-piatu manusia, Eggs (disuarakan oleh Isaac Hempstead-Wright), sejak bayi sebagai salah satu dari mereka 'dumpster-diving' dan mekanik 'junk-collecting' sendiri.

Ketika Boxtrolls ditargetkan oleh pembasmi hama jahat Arichibald Snatcher (Ben Kingsley), yang bertekad memberantas mereka sebagai tiket untuk masyarakat Cheesebridge. Grup baik hati dari tinkerers harus beralih menyelamatkan mereka, anak diadopsi dan gadis kaya yang suka berpetualang Winnie (Elle Fanning) untuk menjembatani dua dunia di tengah-tengah perubahan angin dan keju.