Cerita ini bermula ketika sebulan setelah kelulusan Genji Takiya, sehingga sulit mengharapkan kehadiran Genji Takiya atau Tamao Serizawa untuk hadir di Crows Zero seri ke-tiga ini. Walau pun pemain seperti Katagiri (Kyosuke Yabe), Megumi Hayashida/Rindaman (Motoki Fukami) dan Takashi Makise (Tsutomu Takahashi) bisa dipastikan akan hadir kembali. Perkelahian baru pun dimulai untuk melihat siapa yang akan naik ke atas di Suzuran High School. Sementara itu, pertempuran melawan sekitar Kurosaki Industrial SMA juga dimulai.