"Aisyah: Biarkan Kami Bersaudara" bercerita tentang seorang gadis muslim berparas ayu yang memiliki cita-cita menjadi guru lantaran ia selalu terkenang akan pesan ayahnya untuk membagi ilmu. Begitu memperoleh kesempatan untuk mengajar di Atambua, gadis ini pun meninggalkan kampung halamannya. Desa yang ia tuju dihuni oleh komunitas agama lain. Ia harus berusaha untuk beradaptasi hidup disana, selain itu ia juga harus berjuang untuk memperbaiki kualitas pendidikan di desa terpencil itu.

Cerita dimulai ketika Aisyah baru saja lulus menjadi sarjana. Ia menetap di sebuah kampung kecil di Ciwidey, Jawa Barat. Kampungnya berdekatan dengan perkebunan teh yang berudara sejuk dan sarat dengan nilai religius. Ia tinggal bersama Ibu dan adik laki-lakinya. Ayahnya telah lama meninggal dunia.

Aisyah ingin sekali mengabdikan hidupnya untum menjadi seorang guru. Suatu ketika, Ia memperoleh telpon dari yayasan tempat ia mendaftarkan diri. Ia memperoleh kabar gembira, bahwa ia segera mendapatkan tempat untuk mengajar. Sebuah tempat yang tak pernah ia denger sebelumnya bernama Dusun Derok, terletak di Kabupaten Timur Tengah Utara. Tempat itu berjarak sangat jauh dengan kampung halamannya. Konflik kecil antara Aisyah dan ibunya tak bisa terbendung lagi. Namun karena niat Aisyah yang begitu bulat, ia tetap memutuskan untuk berangkat ke NTT.

Sejak awal kedatangan, ia telah merasa “asing” ditempat itu. Apalagi ketika ia hadir, tanpa sengaja masyarakat telah salalh menganggapnya sebagai Suster Maria, hanya karena sama-sama memakai kerudung. Sebelumnya masyarakat disitu telah mengharapkan kedatangan Suster Maria sebagai guru didik di kampung itu. Setelah kesalahpahaman itu mampu diatasi, Aisyah tetap merasa gamang.

Kampung yang ia datangi merupakan sebuah daerah yang sangat terpencil, tanpa sinyal seluler dan belum masuk listrik. Di wilayah itu sedang dilanda musim kemarau yang panjang mengakibatkan warga kesulitan untuk mendapatkan air bersih. Lingkungan yang baru, ditambah tradisi serba asing dan ruang lingkup religius yang berbeda membuat Aisyah tambah gamang. Munculah sosok Pedro (Arie Kriting) yang mencoba membatu Aisyah.

Ketika ia mulai mendidik para murid disana, ia malah menghadapi kebencian dari salah seorang muridnya yang bernama Lordis Defam. Pada awalannya ia tidak memahami mengapa Lordis begitu membencinya, bahkan sampai mempengaruhi para sahabatnya untuk tidak mau masuk kelas. Belakangan kepala dusun memberikan pemahaman kepada Aisyah, kedatangannya sebagai guru yang muslim dianggap musuh oleh Lordis yang beragama Katolik. Pemikiran itu dimengerti Lordis lewat pamannya, yang saat konflik Ambon berlangsung ia berada di kota.

Mampukah Aisyah bertahan disana? Akankah Aisyah mewujudkan cita-citanya?