Sinopsis film "Mohenjo Daro" berlatar belakang di tahun 2016 SM. Seorang petani bernama Sarman (Hrithik Roshan), pergi menuju "Mohenjo Daro", sebuah kota kuno besar di sungai Indus. Sesampainya di kota, ia tidak sengaja terlibat dalam sebuah kecelakaan, dan berhasil menyelamatkan seorang gadis bernama Chaani (Pooja Hegde), wanita yang didaulat sebagai simbol keberkahan sang Dewi Sungai.

Namun tidak lama kemudian, Sarman harus dihadapkan dengan sebuah intrik yang dijalankan oleh politisi bernama Maham (Kabir Bedi), dan anaknya Moonja (Arunoday Singh), yang berniat merebut kekuasaan atas kota Mohenjo Daro. Sarman pun harus berjuang untuk menyelamatkan penduduk kota, dan memenangkan hati Chaani.