Sinopsis film "Ibu Maafkan Aku" menceritakan tentang Hartini yang membesarkan ketiga anaknya sendirian setelah suaminya meninggal. Bekerja sebagai pemecah batu kali menjadi pilihan terakhirnya agar bisa terus bertahan hidup dan menyekolahkan ketiga anaknya: Banyu (SMA), Gendis (SMA), dan Satrio (SD). Banyu tumbuh menjadi “pilot” dalam keluarga ini. Sikapnya seringkali menimbulkan konflik dengan adiknya (Gendis). Apalagi ketika Gendis mengenal seseorang yang dicintainya yaitu Panji. Banyu harus pergi ke Jakarta demi menggapai cita-citanya. Hartini merasakan goyah yang kedua kali seperti saat ditinggal suaminya dulu.

Apalagi Gendis memutuskan untuk meneruskan kuliah di Jogjakarta. Satrio menjadi satu satunya pelipur lara buat Hartini. Banyu berhasil menjadi pilot dan Gendis menjadi dokter seperti yang diimpikan Hartini. Tapi, ada rahasia yang selama disimpan Hartini.