Sinopsis film "Assassin's Creed" bercerita tentang kisah teknologi revolusioner yang membuka kenangan genetik, Callum Lynch (Michael Fassbender)  yang diselamatkan dari hukuman mati oleh Abstergo Industries, sebuah perwujudan modern dari organisasi orde templar, ia mengalami petualangan nenek moyangnya, Aguilar, di abad ke-15 Spanyol. Callum menemukan dia adalah keturunan dari sebuah masyarakat rahasia misterius, Assassins, dan amasses pengetahuan dan keterampilan yang luar biasa untuk mengambil organisasi Templar menindas dan kuat di hari ini.

Diangkat dari seri video game populer dengan nama yang sama, adaptasi film "Assassin's Creed", Callum Lynch dipaksa untuk berpartisipasi dalam Animus Project dan menyaksikan ingatan leluhurnya, Aguilar de Nerha yang hidup di abad ke 15 Spanyol. Melalui ingatan ini, Callum menyadari bahwa nenek moyangnya adalah bagian dari organisasi rahasia pembunuh bernama 'Assassin's Society'. Ia juga mendapatkan pengetahuan dan keahlian yang akan membantunya untuk melawan musuh terkuat bagi para Assassins, yakni organisasi ksatria templar di masa kini.