"Ghost Diary" bercerita tentang Marsha, yang tinggal di sekolah putri berasrama, sering dirisak oleh teman-temannya, Puput, Stefani, dan Nina Saat liburan Marsha tidak pulang, karena semenjak ibunya meninggal dan ayahnya menikah lagi, ibu tirinya tidak mengharapkan kehadiran Marsha. Sementara Puput, Stefani, dan Nina tidak pulang karena terkena hukuman akibat merisak Marsha.

Keanehan demi keanehan terjadi. Marsha mendengar tangisan dari satu ruangan yang terletak dilantai atas gedung asramanya. Pembina asrama, Rossa, mengatakan bahwa Marsha hanya berhalusinasi. Tiap malam, Marsha mendengar gangguan terus dari kamar itu. Akhirnya Marsha memberanikan diri membongkar pintu kamar yang terkesan dirahasiakan itu.. Di kamar itu ia menemukan sebuah diary.

Dari diary itu ia mengikuti kisah Yulia, yang ternyata juga korban bully. Berangsur-angsur, kisah yang dialami Yulia ternyata mirip dengan yang dialami Marsha. Tanpa disadarinya, Marsha seperti masuk ke masa lampau saat Yulia masih hidup. Marsha mulai mengetahui rahasia yang selalu disembunyikan. Ia berusaha agar peristiwa itu tidak terjadi padanya.