Sinopsis film "Barakati" mengisahkan diawali ketika Abdul Manan (Fedi Nuril), seorang arkeolog muda dari Yogyakarta didatangi oleh seorang wartawan asal Inggris bernama Gerry Johnson (Jono Armstrong). Ketika itu, Gerry minta dijelaskan tentang makna kalimat yang tertulis dalam kayu lontar dari abad ke 14. Setelah dibaca sepintas, ternyata kalimat-kalimat tersebut adalah penggalan catatan patih terkenal dari Majapahit, yakni Gajah Mada, yang isinya menunjukan keberadaan dari ratu adil, yang selama ini dianggap hanya mitos belaka.

Manan kemudian merasa tertarik untuk mengungkapnya. Apalagi dia melihat di artefak itu terdapat nama pulau Buton, tanah kelahiran dari orang tua Manan.

Rasa ketertarikan Manan bertambah dengan sebuah teori yang pernah ia cetuskan tentang pemerintahan Hayam Wuruk di Majapahit. Dalam teorinya, Manan mengungkap bahwa sempat terjadi gejolak politik dan usaha untuk mengkudeta Hayam Wuruk.

Lontar yang dibawa oleh Gerry, bisa jadi, akan membuka rahasia yang selama ini masih menjadi misteri, yaitu tentang hari-hari terakhir Gajah Mada di Majapahit dan tentang apa yang terjadi kepada sang mahapatih di akhir hidupnya. Lalu apa hubungannya semua itu dengan ramalan ratu adil di masa yang akan datang.

Menurut lontar tersebut, kunci untuk memngungkap rahasia itu, ada di pulau Buton.