"Colonia" terinspirasi dari kejadian nyata tentang pasangan muda yang dilibatkan dalam kudeta militer di Chili pada tahun 1973. Daniel (Daniel Bruhl) diculik oleh polisi rahasia Pinochet sedangkan Lena (Emma Watson) melacak keberadaannya hingga ke negara bagian selatan yang disebut Colonia Dignidad. Di tempat ini banyak pendeta yang menjalankan misi amal, Lena memtuskan unutk bergabung demi mencari kekasihnya.