"Merah Putih" bercerita tentang enam orang pemuda dengan dari latar belakang yang berbeda-beda sedang mengikuti pelatihan militer sekitar tahun 1947. Sebelum mereka menyelesaikan masa latihan di sebuah kamp pelatihan, Belanda datang dan membumihanguskan tempat tersebut dan membunuh teman-teman seangkatan mereka. Keenam pemuda tersebut: Amir, Thomas, Dayan, Marius dan Soerono berhasil lolos dari kejaran Belanda untuk kemudian melawan balik.