"Lari dari Blora" bercerita tentang Cintya (Annika Kuyper), aktivis LSM Amerika, melakukan penelitian tentang masyarakat Samin di wilayah antara Pati-Blora. Pada saat bersamaan dua penjahat kelas teri, Bongkeng (Andreano Philip" href="https://layarfilm.com/name/1585/andreano-philip">Andreano Philip) dan Sudrun (Octav Kriwil), kabur dari penjara Blora dan memilih desa masyarakat Samin untuk sebagai tempat persembunyian. Di desa itu, Ramadian (Iswar Kelana), guru, berusaha menyekolahkan anak-anak Samin. 

Usaha ini ditentang Pak Lurah (Soultan Saladin) yang berprinsip: menjadikan masyarakat Samin sebagai cagar budaya agar unik, dan menarik perhatian berbagai pihak dan mendapat dana bantuan. Terjadi hubungan kepentingan antara Ramadian dan Cintya, hingga membuat cemburu Hasanah, guru di sekolah yang sama dengan Ramadian. Ada juga kisah cinta remaja lain: Heru (Fadli Fuad) dan Wati (Tina Astari). Konflik antara Ramadian dan Pak Lurah menajam, ditambah lagi munculnya intel yang menilai desa itu jadi sarang pelarian. Mereka mencurigai tetua desa, Simbah (WS Rendra), dan warga Samin melindungi pelarian, di samping dicurigai sebagai aliran sesat. Tersebar berita bahwa Samin jadi sarang penjahat, berpotensi jadi sarang teroris, serta ladang kegiatan aktivitias LSM asing dan lokal. Akhirnya, sebuah operasi keamanan digelar.