“3” akan berlatarkan pada Jakarta di tahun 2036, begitu banyak terjadi perubahan. Negara sudah kembali damai dan sejahtera sejak perang saudara dan pembantaian kaum radikal berakhir di Revolusi tahun 2026 lalu.

Hak asasi manusia menjadi segalanya. Peluru tajam sebagai senjata pembunuh sudah menjadi ilegal, sehingga aparat cukup diberikan peluru karet untuk menangkap penjahat dan teroris yang masih tersisa. Satu dilema yang sangat menyulitkan, dimana beberapa kelompok radikal kembali bangkit dan telah menemukan bentuk perjuangannya untuk mengganti wajah demokrasi.

Kemampuan bela diri yang tinggi sangat dibutuhkan, baik oleh para aparat maupun para penjahat. Alif (Cornelio Sunny), Lam (Abimana Aryasatya) dan Mim (Agus Kuncoro) adalah tiga sahabat dari satu perguruan silat yang dibesarkan bersama di sebuah pesantren bernama Al Ikhlash.

Alif yang keras dan lurus dalam bersikap memilih menjadi aparat negara. Ia bertekad membasmi semua bentuk kejahatan dan mencari para pembunuh kedua orang tuanya. Lam yang menghanyutkan memilih menjadi seorang jurnalis. Dia memiliki tujuan untuk menyebarkan kebenaran dan menjadikan dirinya mata dari rakyat. Sementara Mim memilih mengabdi pada agama dengan tetap menetap di pesantren tersebut. Menjadikan dirinya sebagai manfaat untuk sekalian alam dan menjaga utuhnya nilai-nilai aqidah agama di muka bumi ini. Ketiganya dipertemukan kembali, setelah terjadi kekacauan pasca ledakan bom di sebuah cafe.

Bukti-bukti dan investigasi mengarah pada keterlibatan Mim bersama para santri pesantren Al Ikhlash. Alif harus menghadapi sahabatnya sendiri dan menghancurkan pesantren yang telah membesarkannya. Lam yang terjepit diantara kedua sahabat terus berusaha mencari titik temu demi menghindari kehancuran yang lebih parah. Mim memilih menghadapi para aparat dan rela mengorbankan jiwanya tanpa mengenal kompromi.

Alif, Lam dan Mim dipaksa bertempur satu sama lainnya dalam mempertahankan dan memperjuangkan kebenarannya masing-masing. Disisi lain mereka juga harus terus menjaga keluarga dan orang-orang yang mereka hormati dan cintai.