"Bunga Terakhirku" bercerita tentang Bunda (Wulan Guritno) adalah seorang mantan pelacur yang menjadi germo sekaligus pemilik sebuah rumah bordil. Banyak kalangan atas, termasuk pejabat yang menjadi pelanggan setia di rumah bordil milik Bunda. Dan Lily adalah salah satu pelacur yang bekerja di rumah bordil tersebut. Suatu ketika, kejadian-kejadian aneh terjadi di rumah bordil milik Bunda tersebut, hingga berujung pada sebuah pembunuhan.

Ketika kecil, Tura menyaksikan perampok mendatangi rumahnya, memperkosa sang ibu, dan membunuhnya. Tura menguburkan ibunya di kebun belakang rumahnya karena Ibunya sangat menyukai bunga. Lalu Tura mengurus diri sendiri hingga dewasa.

Rasa bersalah karena tak bisa menolong Ibunya, membuatnya hanya memiliki satu tujuan yaitu berdedikasi terhadap sang ibu dengan memburu para pemerkosa dan menjadikannya pupuk agar kebun sang Ibu bisa tetap terjaga indah.

Tura (Baim Wong) tetap bekerja sebagai tukang bunga. Suatu hari ia membawa bunga-bunga ke villa pelacuran. Ia bertemu dengan Lily (Salvita Decorte), seorang pekerja seks komersial. Pada usia 10 tahun, Lily dijual ayahnya yang brengsek dan pemabuk, dan kemudian bertemu dengan seorang mucikari yang dipanggilnya Bunda (Wulan Guritno). Lily dilatih untuk menjadi pelacur kelas atas (high-class hooker).

Lily tertarik dengan bunga-bunga yang dibawa Tura dan mendatangi kebun bunga Tura untuk mengenal Tura lebih dekat. Tura yang jatuh cinta dengan Lily, berusaha melindungi Lily dengan membunuh klien-klien Lily diam-diam, termasuk seorang anak pejabat tinggi. Mengetahui hal tersebut Lily mengalami dilema. Ia ragu apakah Tura masih bisa diselamatkan. Bunda pun mencurigai Tura berada di balik hilangnya klien-kliennya.