"The Assassin" mengisahkan pada abad ke-9 di Tiongkok, Nie Yinniang (Shu Qi) seorang putri jendral yang berusia 10 tahun diculik oleh biarawati. Para biarawati telah melatih seni bela diri pada Nie Yinniang hingga dia menjadi seorang pembunuh yang laur biasa. Dia juga dituduh menjadi sebab menghilangnya gubernur yang kejam dan korup.

Suatu ketika dia gagal dalam tugas hingga dia harus dikirim kembali ke tanah kelahirannya. Dalam pengembaliannya dia memiliki tugas untuk membunuh sepupunya yang sekarang menjadi pemimipin wilayah militer terbesar di bagian Utara.

Setelah 13 tahun menghilang, Nie Yinniang harus menghadapi orangtuanya dengan berbagai kenangan dan perasaaan yang harus dia simpan. Selain itu, Nie Yinniang harus memilih mengorbankan pria yang dia cintai atau melakukan penghancuran seperti pembunuh.