"Hwayi" bercerita tentang sebuah organisasi kejahatan yang beranggotakan 5 orang, dipimpin oleh Seok Tae (Kim Yun Seok). Suatu hari organisasi itu melakukan penculikan bayi laki-laki ini bernama Hwa Yi dan mereka mengasuhnya seperti anak mereka sendiri.

Sekarang bayi laki-laki itu sudah berusia 17 tahun (Yeo Jin Goo) dan telah berubah menjadi pembunuh yang mematikan. Hwa Yi yang sekarang sudah masuk dalam anggota geng ayahnya, masih memiliki rasa ingin tahu tentang masa lalunya, pada akhirnya Hwa Yi akan melakukan segala cara untuk mengetahui hal itu.