Nagabonar (Deddy Mizwar) sudah memiliki perkebunan luas kelapa sawit, sementara istri, emak, dan sahabat karibnya sudah meninggal dan dikubur di perkebunan itu juga. Suatu hari ia diminta anaknya, Bonaga (Tora Sudiro) yang lulusan S2 luar negeri dan sudah jadi pengusaha properti, untuk datang ke Jakarta. Begitu sampai di Jakarta, mulailah komedi berlangsung.

Yang jadi bahan kali ini adalah membenturkan nilai-nilai lama--khususnya nasionalisme zaman 45--dengan kondisi sosial-politik-ekonomi Indonesia 2007 yang penuh kepincangan dan korupsi. Bonaga dkk ingin mengubah perkebunan kelapa sawit Nagabonar menjadi resor mewah, bekerjasama dengan Jepang.

Nagabonar marah dan frustrasi. Ia keliling Jakarta untuk melampiaskan kekesalannya. Semakin banyak kepincangan yang dilihatnya, tapi juga ia menyadari sudah terjadi perubahan besar. Ia tidak bisa menerima keadaan, tapi juga sangat cinta pada anak tunggalnya itu dan mencoba memahaminya. Bahkan dengan naifnya ia mengajari anaknya bagaimana merayu pacarnya Monita (Wulan Guritno). Bonaga sendiri lambat laun bisa memahami posisi moral bapaknya. Komedi terbaik dalam 10 tahun terakhir.