"Madame Bovary" menceritakan kisah seorang putri petani yang cantik bernama Emma (Mia Wasikowska). Emma menikah dengan Charles Bovary (Henry Lloyd-Hughes), seorang dokter muda sudah tertarik dengan Emma sejak pertama kali mereka bertemu. Setelah menikah, Emma baru mengetahui bahwa Charles adalah orang yang kaku dan membosankan.

Sebagai dokter Charles juga sering meninggalkan Emma sendirian dan hal ini mulai membuat Emma kesepian. Kesepian dan kebosanan yang dihadapi Emma mulai membuatnya melakukan hubungan gelap dengan dua orang pria yang juga dikenal oleh suaminya.