Sinopsis film "My Name is Khan" akan menceritakan tentang Rizwan Khan (Shahrukh Khan), seorang Muslim dari Mumbai Borivali, menderita sindrom Asperger, sebuah bentuk autisme yang sulit untuk bersosialisasi. Rizwan kemudian menikahi seorang janda Hindu satu anak, Mandira (Kajol), di San Francisco.

Suatu hari, Rizwan ditahan oleh pihak berwenang di LAX karena perilaku cacatnya dianggap mencurigakan. Dalam tahanan, ia bertemu Radha (Sheetal Menon), seorang terapis yang membantunya mengatasi situasi dan penderitaan. Rizwan kemudian memulai perjalanan untuk bertemu Presiden AS Obama guna membersihkan namanya.